Elektronik arşiv uygulaması şu aşamada mükelleflere getirilen bir zorunluluk değildir. Uygulamaya ilişkin tek istisna, internet üzerinden satış yapan mükelleflerle ilgilidir. Maliye Bakanlığı düzenlemesi uyarınca, internet üzerinden mal ve hizmet satışı yapan ve 2014 yılı gelir tablosu brüt satış hasılatı tutarı 5 milyon lira ve üzerinde olan mükellefler en geç 1.1.2016 tarihine kadar e-Arşiv Uygulamasına geçmek zorundadırlar. Bu mükellef grubu dışındakiler ise isterlerse e-Arşiv uygulamasına geçebilecekledir.   

Gelir İdaresi Başkanlığı'nca e-Arşiv uygulamasından yararlanma izni verilmiş olan mükellefler;

a) e-Fatura Uygulamasına kayıtlı olanlara düzenledikleri faturaları e-fatura olarak oluşturmak, iletmek, muhafaza ve istenildiğinde ibraz etmek zorundadırlar.

b) e-Fatura Uygulamasına kayıtlı olmayan vergi mükelleflerine e-Arşiv Uygulaması kapsamında fatura oluşturmaya, kâğıt ortamında göndermeye ve oluşturulan faturaların ikinci nüshasını elektronik ortamda muhafaza ve istendiğinde ibraz etmeye zorunludurlar.

c) Vergi mükellefi olmayanlara ise e-Arşiv Uygulaması kapsamında fatura oluşturmaya, müşterilerinin talebi doğrultusunda elektronik ortamda iletmeye veya kâğıt ortamında göndermeye, oluşturulan faturaların ikinci nüshasını elektronik ortamda muhafaza etmeye ve istenildiğinde ibraz etmeye zorunludurlar.

Mükellefler e-Arşiv Uygulamasını, kendi bilgi işlem sistemi veya Başkanlıktan izin almış özel entegratör bilgi işlem sistemi üzerinden olmak üzere iki yöntemle kullanabilmektedirler.

Uygulamayı kendi bilgi işlem sistemi üzerinde kullanmak isteyen mükellefler  http://www.efatura.gov.tr/ İnternet adresinde yayımlanan e-Arşiv Uygulaması Başvuru Kılavuzu'nda açıklanan şartlara uygun olarak başvuru yaparlar.

e-Arşiv Uygulamasını Başkanlıktan e-arşiv izni almış özel entegratörlerin bilgi işlem sistemi üzerinde kullanmak isteyen mükellefler, doğrudan özel entegratöre başvuracak olup ayrıca Başkanlığa başvuruda bulunmazlar.

Bilgi işlem sistemlerinin entegrasyonu yöntemiyle elektronik fatura uygulamasından yararlanan mükellefler, sistemlerini kesintisiz 7 gün 24 saat fatura ve ilgili mesajları alabilir ve gönderebilir halde açık tutmak zorundadırlar. Mücbir sebepler dışında bu zorunluluğa uymayan mükelleflerin entegrasyon izinleri iptal edilmekte, elektronik fatura uygulamasını sadece portal yöntemiyle kullanabilmektedirler.

Bilgi işlem sistemlerinin entegrasyonu yöntemiyle elektronik fatura uygulamasından yararlanan mükellefler, sistemleri üzerinde yapacakları bakım, onarım, gözden geçirme vb. işlemler nedeniyle sistemlerine erişim kesintiye uğrayacak ise bu kesintiden önceki üç işgünü içerisinde hangi tarihte ve ne kadar süreyle sistemlerinin kesintiye uğrayacağını Gelir İdaresi Başkanlığı'na bildirmekle yükümlüdürler. Kesinti süresi hiçbir surette iki günü aşamaz.

e-Arşiv Uygulamasını kendi bilgi işlem sistemi üzerinden kullanmak için yapılan başvurular, mükellefe ait sistemin yapısı, işleyişi ve bu sistemde düzenlenen belge ve raporların ilgili Tebliğde ve http://www.efatura.gov.tr/ İnternet adresinde yayımlanan e-Arşiv Kılavuzunda belirlenen usul ve esaslara uygun olup olmadığı açısından Başkanlıkça değerlendirilir.

Başkanlıktan özel entegrasyon izni alan mükellefler, kapsama giren mükelleflere elektronik ortamda fatura ve e-arşiv raporu oluşturma, mali mühürle onaylama, zaman damgası kullanma ve oluşturulan faturayı elektronik ortamda alıcıya iletme hizmeti vermektedirler.

e-Arşiv hizmetini özel entegratör sistemi üzerinden alan mükellefler, fatura ve elektronik arşiv raporlarında özel entegratörün mali mührünün ve zaman damgasının kullanılmasını talep edebilirler.

Özel entegratörlerin e-arşiv hizmeti verebilmesi için Başkanlıktan ayrıca e-arşiv izni alması gerekmektedir.

e-Arşiv Uygulaması kapsamında düzenlenen belgeler Başkanlığa bildirilen bilgi işlem sisteminde veya özel entegratör sisteminde oluşturulmalıdır.

Uygulamayı kendi sistemi üzerinden kullanan tüzel kişiler elektronik ortamda oluşturdukları faturalarını kendi mali mühürleri ile gerçek kişiler ise kendi mali mühürleri ya da NES ile (Nitelikli Elektronik Sertifika ile) onaylarlar (NES, 5070 sayılı Elektronik İmza Kanunu'nda tanımlanan ve yalnızca gerçek kişi mükelleflerce kullanabilen elektronik sertifikayı ifade etmektedir).

Uygulamanın özel entegratör vasıtasıyla kullanılması durumunda belgeler mükelleflerin kendi mali mühür ya da NES'i ile veya mükellefin istemesi halinde özel entegratörün mali mührü ile onaylanır.

e-Arşiv Uygulaması kapsamında düzenlenen belgeler başta Vergi Usul Kanunu olmak üzere, diğer vergi kanunları ve ilgili düzenlemelerde yer alan sürelere ve belirlenen usul ve esaslara uygun biçimde oluşturulmak zorundadır.

e-Arşiv izni kapsamında düzenlenen belgelerde, seri-sıra numarası yerine 3 haneli birim kodu ve 13 haneli sıra numarasından oluşan belge numarası kullanılır. Birim kodu serbestçe belirlenebilir.

Başkanlık bazı birim kodlarının kullanımını yasaklayabileceği gibi bazı işlemler için belirlediği birim kodlarının kullanılmasını zorunlu kılabilir.

Belge numarası içerisinde yer alan sıra numarası, 4 karakter yıl ve 9 karakter müteselsil numaradan oluşmaktadır. Her bir birim koduna ait sıra numarası kendi içinde oluşturulur ve takip edilir. Sıra numarası içerisinde yer alan 9 karakterlik müteselsil numara, her yılın ilk günü itibariyle "1" rakamından başlatılarak kullanılır. Mükellef bünyesinde aynı belge numarası birden fazla kullanılamaz.

e-Arşiv Uygulaması kapsamında vergi mükellefi olmayanlara düzenlenen fatura, alıcının rızasına bağlı olarak kâğıt veya elektronik ortamda teslim edilir.

Vergi mükellefi olmayan alıcı tarafından elektronik ortamda teslimi istenen fatura internet dâhil olmak üzere her türlü elektronik araç ve ortamlar vasıtasıyla iletilebilir.

Vergi mükellefi olmayanlara yapılan satışlarda fatura, malın teslimi ya da hizmetin ifası anında elektronik ortamda iletiliyorsa müşteriye bu faturanın kâğıt çıktısı verilir. Bu durumda çıktının satıcı veya yetkilisi tarafından imzalanması zorunludur. Bu imkândan yararlanabilmek için faturanın malın teslimi anında düzenlenmesi zorunludur.

e-Arşiv izni alan mükellefler ve e-arşiv hizmeti verme konusunda Başkanlıktan izin alan özel entegratörler, elektronik ortamda oluşturdukları belgelere ilişkin olarak, Başkanlığın www.efatura.gov.tr İnternet adresinde yayımlanan veri formatı ve standardına uygun e-Arşiv Raporunu mali mühür ya da NES ile zaman damgalı olarak onaylamak ve e-Arşiv Kılavuzunda açıklanan yöntem veya yöntemlerle Başkanlık sistemine aktarmak zorundadır.

Başkanlık, yazıyla bildirmek ve hazırlık için yeterli süre tanımak şartıyla rapor aktarım süresini ve yöntemini değiştirmeye, sektörler ve mükellef grupları itibariyle farklı veri aktarım süresi ve yöntemi belirlemeye yetkilidir.

Başkanlık, yazı ile bildirmek ve hazırlık için yeterli süre tanımak şartıyla e-Arşiv Raporlarının ve elektronik ortamda arşivlenen belgelerin uzaktan erişime açılmasını isteyebilir.

Erişim ve raporlama gereklerinin yerine getirilmiş olması, mükellefin e-arşive konu belgelerinin muhafazası ve ibrazı ödevlerini ortadan kaldırmaz.

e-Arşiv izni alan mükellefler, muhafaza ve ibraz ödevlerini yerine getirirken aşağıdaki hususlara riayet etmek zorundadırlar:

a) Mükellefler, oluşturdukları ikinci nüsha elektronik belgelerini ve e-Arşiv Raporlarını birbirleriyle ilişkili şekilde, vergi kanunları ve diğer kanuni düzenlemelerin kâğıt nüshalar için öngörmüş olduğu süreler dâhilinde muhafaza ve istenildiğinde ibraz etmekle yükümlüdür.

b) İzin alan mükellefler, ikinci nüsha elektronik belgelerini ve e-Arşiv Raporlarını kendi bilgi işlem sistemlerinde muhafaza ederler. Bu mükellefler istemeleri halinde Başkanlıktan saklama izni almış kuruluşlarda da muhafaza ödevlerini yerine getirebilirler.

c) e-Arşiv Uygulamasını kendi sistemi üzerinden kullananlar, elektronik ortamda düzenledikleri ikinci nüsha faturalarını kendilerine ait mali mühür ya da NES ile onaylayarak saklarlar.

d) Özel entegratörlerden e-arşiv hizmeti alanlar izin kapsamında, elektronik ortamda düzenledikleri ikinci nüsha faturalarını kendilerine ait mali mühür ya da NES ile veya özel entegratöre ait mali mühürle onaylayarak saklarlar.

e) Muhafaza ve ibraz yükümlülüğü, elektronik belgelerin ve ilişkili raporların doğruluğuna, bütünlüğüne ve değişmezliğine ilişkin her türlü elektronik veri, veri tabanı dosyası, saklama ortamı veya doğrulama ve görüntüleme araçlarını kapsar.

f) Mükellefler tarafından muhafaza edilen elektronik belgeler muhatabına gönderilen kâğıt nüshalar ile aynı içerikte ve istenildiğinde aynı görüntüde basılabilecek şekilde saklanmalıdır.

g) Muhafaza edilen elektronik belgelerin sorgulanması, görüntülenmesi ve kâğıt çıktılarının alınması sırasında kullanılacak anahtarlardan birisinin belge numarası olması zorunludur.

h) Elektronik belge ve raporların Türkiye Cumhuriyeti sınırları içerisinde ve Türkiye Cumhuriyeti Kanunlarının geçerli olduğu alanlarda muhafaza edilmesi zorunludur. Bu zorunluluk, yurt dışında ikincil bir arşivleme yapılmasına engel teşkil etmez.