Katma Değer Vergisi Kanunu’nun 17/4-ı hükmü uyarınca serbest bölgelerde verilen hizmetler katma değer vergisinden istisna edilmiştir. Ancak yurt içinden serbest bölgeye verilen hizmetler ile serbest bölgeden yurt içine yönelik olarak verilen hizmetler KDV’ye tabi bulunmaktadır.

İstisna kapsamına yalnızca serbest bölgede ifa edilen hizmetler girmektedir.

Serbest bölgede faaliyet gösteren (A) firmasına serbest bölgeye gelinerek makine bakım- onarım hizmeti verilmesi 3065 sayılı Kanunun (17/4-ı) maddesi kapsamında KDV’den istisna iken, (A) şirketinin serbest bölge dışından araç kiralaması KDV’ye tabi bulunmaktadır.

İthalat ve ihracat konusu malların (B) firmasınca serbest bölgelerden limanlara, limanlardan serbest bölgelere karayolu ile taşınması işlemi KDV’ye tabidir.

Hazır betonun imal edilerek transmikserle dökülmesi işi, KDV uygulamasında inşaat taahhüt işleri kapsamında "hizmet" olarak değerlendirilmektedir. Bu hizmetin yurtiçinden serbest bölgedeki inşaatlar için verilmesi işlemi KDV’ye tabi bulunmaktadır.   

KDV Kanunu’nun (11/1-a) maddesi uyarınca serbest bölgedeki müşteriler için yapılan fason hizmetler KDV’den istisna edilmiştir.

Aynı Kanun’un 12/3. maddesi uyarınca, fason hizmetlerin serbest bölgelerdeki müşterilere yapılmış sayılabilmesi için;

- Fason hizmetin serbest bölgelerde faaliyet gösteren müşteriler için yapılmış olması,

- Fason hizmetten serbest bölgelerde faydalanılması,

şartları birlikte gerçekleşmelidir.

Ayrıca, söz konusu şartlara ilaveten, ana madde ve malzemelerin serbest bölgeden gönderilmesi ve fason hizmete konu malın yeniden serbest bölgeye gönderilmiş olması gerekmektedir.

Bu istisna uygulamasında fason hizmet, bir malın mülkiyet ve tasarruf hakkının devralınmaksızın ücreti karşılığı belirli işlemlere tabi tutularak/işlemlerden geçirilerek tasarruf veya mülkiyet hakkı sahibine iade edilmesini ifade etmektedir.

Buna göre, serbest bölgeden gönderilen ana madde ve malzemelerin, yurtiçinde bulunan işletmelerde çeşitli işlemlere tabi tutulduktan sonra yeniden serbest bölgeye gönderilmesi suretiyle verilen fason hizmetler istisna kapsamında değerlendirilir.

Fason hizmetler dışında, Türkiye’den bu bölgelerde faaliyet gösterenlere yapılan hizmetler 3065 sayılı Kanunun 1. maddesi çerçevesinde KDV’ye tabi bulunmaktadır.

Serbest bölgelere yapılan fason hizmetlere yönelik istisna, fason hizmetin tamamlanmış ve serbest bölgedeki müşteriye faturanın düzenlenmiş olması şartıyla, fason hizmete konu malın gümrük bölgesinden çıkarak serbest bölgeye ulaştığı vergilendirme döneminde (gümrük beyannamesi veya gümrük beyannamesi yerine geçen belgede malın serbest bölgeye vasıl olduğunu gösteren tarihi içine alan dönemde) uygulanır ve bu vergilendirme dönemine ait beyanname ile beyan edilir.

Fason hizmet faturasının malın serbest bölgeye vasıl olduğu dönemden önceki dönemde düzenlenmiş olması istisnanın fatura tarihini içine alan dönemde beyanını gerektirmemektedir.

Beyan, ilgili dönem beyannamesinin “İstisnalar-Diğer İade Hakkı Doğuran İşlemler” kulakçığında “Tam İstisna Kapsamına Giren İşlemler” tablosunda 316 kod numaralı satır kullanılmak suretiyle yapılacaktır. Bu işlem nedeniyle yüklenilen ve indirim yoluyla telafi edilemeyen vergilerin iadesinin istenmemesi halinde, “Yüklenilen KDV” alanına “0” yazılacaktır.

Serbest bölgelere yapılan fason hizmetler, fason hizmete konu malın serbest bölgeden yurtiçine, yurtiçinden serbest bölgeye gönderilmesine ilişkin gümrük beyannamesi veya gümrük beyannamesi yerine geçen belge ve fason hizmete ilişkin olarak serbest bölgedeki alıcı adına düzenlenen satış faturaları ile tevsik edilecektir. Bunlar (iade talep edilsin edilmesin), istisnanın beyan edildiği beyannamenin verilme süresine kadar bağlı olunan vergi dairesine bir dilekçe ekinde verilmek zorundadır.

Gümrük beyannamesi veya yerine geçen belgenin onaylı örneği ibraz edilebileceği gibi, bunların bilgilerini ihtiva eden bir liste de verilebilir. Aynı şekilde tevsik için satış faturaları veya fotokopisi yerine satış faturalarına ilişkin bilgileri ihtiva eden firma yetkililerince onaylı bir listenin ibrazı da mümkündür.

Faturanın, gümrük beyannamesinin kapanma tarihinden önce düzenlenmiş olması kaydıyla, beyannamenin açılma tarihinden sonra düzenlenmiş olması istisna uygulamasına engel teşkil etmemektedir.

Serbest bölgelere verilen fason hizmet ihracından kaynaklanan iade taleplerinde aşağıdaki belgeler aranmaktadır:

- Standart iade talep dilekçesi,

- Fason hizmet faturaları veya listesi,

- Fason hizmete konu malın serbest bölgeden yurtiçine, yurtiçinden serbest bölgeye gönderilmesine ilişkin gümrük beyannamesi veya gümrük beyannamesi yerine geçen belge aslı veya örneği,

- Fason hizmetin verildiği döneme ait indirilecek KDV listesi,

- Yüklenilen KDV listesi,

- İadesi Talep Edilen KDV Hesaplama Tablosu.

Mükelleflerin serbest bölgelere verdiği fason hizmet ihracından kaynaklanan mahsuben iade talepleri, yukarıdaki belgelerin ibraz edilmiş olması halinde miktarına bakılmaksızın vergi inceleme raporu, YMM raporu ve teminat aranmadan yerine getirilmektedir.

Mükelleflerin serbest bölgelere verdiği fason hizmet ihracından kaynaklanan ve 5.000 TL’yi aşmayan nakden iade talepleri vergi inceleme raporu, YMM raporu ve teminat aranmadan yerine getirilmektedir. İade talebinin 5.000 TL’yi aşması halinde aşan kısmın iadesi, vergi inceleme raporu veya YMM  raporuna göre yerine getirilebilmektedir. Teminat verilmesi halinde, mükellefin iade talebi yerine getirilmekte ve teminat, vergi inceleme raporu veya YMM raporu sonucuna göre çözülmektedir.

Serbest bölgedeki alıcı kavramı, ilgili mevzuatları çerçevesinde söz konusu bölgelerde faaliyette bulunan gerçek veya tüzel kişi alıcıları ifade etmektedir. İhracat teslimine ait fatura ve benzeri belgelerin serbest bölgedeki alıcı adına düzenlenmesi gerekmektedir.

Serbest bölgelere yapılan ihracat teslimlerinde, gümrük beyannamesinin düzenlenmediği hallerde, malın serbest bölgeye giriş işlemlerinin tamamlanarak serbest bölgeye vasıl olduğu tarih ihracatın gerçekleştiği tarih olarak kabul edilir. Bu tarih, malların serbest bölgeye girişinin yapıldığını gösteren, serbest bölge işlem formunun ilgili idare tarafından onaylandığı tarihtir.

Serbest Bölgelere yapılan ihracattan kaynaklanan iade taleplerinde aşağıdaki belgeler aranmaktadır:

- Standart iade talep dilekçesi,

- Satış faturaları listesi,

- Gümrük beyannamesi veya listesi (Serbest bölgeye yapılan ihracatta serbest bölge işlem formu, posta veya kargo yoluyla gerçekleştirilen ihracatta elektronik ticaret gümrük beyannamesi),

- İhracatın beyan edildiği döneme ait indirilecek KDV listesi,

- Yüklenilen KDV listesi,

- İadesi Talep Edilen KDV Hesaplama Tablosu.

Mükelleflerin serbest bölgeye mal ihracından kaynaklanan mahsuben iade talepleri, yukarıdaki belgelerin ibraz edilmiş olması halinde miktarına bakılmaksızın vergi inceleme raporu, YMM raporu ve teminat aranmadan yerine getirilir.

Mükelleflerin serbest bölgeye mal ihracatından kaynaklanan ve 5.000 TL’yi aşmayan nakden iade talepleri vergi inceleme raporu, YMM raporu ve teminat aranmadan yerine getirilmektedir. İade talebinin 5.000 TL’yi aşması halinde, aşan kısmın iadesi vergi inceleme raporu veya YMM tasdik raporuna göre yerine getirilebilmektedir. Teminat verilmesi halinde, mükellefin iade talebi yerine getirilmekte ve teminat, vergi inceleme raporu veya YMM raporu sonucuna göre çözülmektedir.